2004年8月15日，侵华日军南京大屠杀史研究会的部分专家学者和国内部分抗战史研究专家，围绕侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆陈列改造举行了学术研讨会,专家们献计献策，畅所欲言，以这种特殊的方式纪念中国人民抗日战争胜利59周年。

　　会上，专家们认为，该馆现有陈列是于1994年改造推出的，历经10年，展出的文物资料已经陈旧，影响了展出的效果。由于该馆在国内外影响的扩大，尤其是今年3月免费开放以后，观众越来越多，展出的条件较差，影响了教育功能和作用的充分发挥。近年来，随着调查研究的不断拓展和深化，一大批新的南京大屠杀历史资料、实物分别从日本、美国、德国、丹麦等外国，以及中国民间被发现、征集，如新发现的《拉贝日记》、《东史郎日记》的资料，日本老兵伊藤兼男照片集等，如不进行陈列改造，新的证据就难以示人。此外，明年是世界反法西斯战争和中国人民抗日战争胜利60周年，该馆应该推陈出新，以新的面貌迎接海内外观众。

　　专家们就新陈列的内容与形式，纷纷阐述了自己的建议：中国第二历史档案馆曹必宏研究员认为，对在南京保卫战中阵亡的国民党官兵要给予应有的地位；南京医科大学孟国祥教授提出，要增加实物展出，以强化展览的震撼力；南京市博物馆副馆长华国荣研究员指出，要重视对遇难同胞遗骨的发掘和保护；专程从上海赶来与会的上海淞沪抗战馆业务部主任潘法铨，陈列艺术总监王复光，上海龙华烈士陵园馆长助理肖炳龙副研究员，陈列部副主任肖树柏等，也对陈列布局、展示手段、艺术形式、声光电等科技效果提出了宝贵的建议。